Ein Update der Treiberschnittstelle von Xorg setzte aufgrund einiger Änderungen in der ABI mein X11 ausser Gefecht. Also mal kurz in den Gentoo-Foren nachgeschaut was da zu Bruch ging.
Die Lösung war denkbar einfach - ich musste meine package.mask um folgende Einträge erweitern:
>x11-base/xorg-server-1.0.99
>=x11-drivers/xf86-input-evdev-1.1.2-r1
<=x11-base/xorg-x11-6.9.0-r1
<=virtual/xft-6.8
=x11-base/xorg-x11-7.1
Das sich daraufhin bietende Problem liess sich durch einfaches Nachdenken lösen: Da Portage in diesem Fall die Abhängigkeiten nicht auflöst müssen die entsprechenden Pakete nochmal gebaut werden. Dann ging auch X11 wieder.